在上海一条不起眼的小弄堂里，有一家只在深夜营业的小餐馆，老板是一位50岁左右的大叔，他会为每一个到访的食客做一份只属于他（她）的食物，一碗饭一个故事，一碟菜一段人生，暖心抚慰都市夜归人。 大叔随着食堂的夜晚一起经历人来人往，满足食客们的味蕾，也见证了各式人生。而无论夜多深、路多远，大叔还会在食堂里继续倾 听大家的故事。

夜幕笼罩下的东京霓虹闪烁，在城市某个不起眼的角落，充满温情的深夜食堂悄然开张。妖媚的川岛玉子（高冈早纪 饰）一脸颓唐，她的靠山不久前去世，却没给她留下分文遗产。在她无助的时候，貌不惊人的上班族小初（柄本时生 饰）走入玉子的视野，他们的关系迅速拉近。乡下女孩栗山美知留（多部未华子 饰）独自来到东京，走投无路之际她在老板（小林薰 饰）这里吃了霸王餐，事后主动登门要求打工还钱，女孩因此找到了暂时的栖身地。3·11大地震让福岛灾民大石谦三（筒井道隆 饰）和来自东京的志愿者杉田明美（菊池亚希子 饰）相识。大石对其展开狂热的追求，甚至尾随来至东京。 　　平凡人的小故事，在深夜食堂内交替上演……

在繁华的大都市东京，如果有人在深夜十分还不想回家，那么有一个好去处，在那里既可以排解寂寞，又可以安慰胃袋，那就是位于新宿小巷中的深夜食堂。本作是知名影视剧《深夜食堂》的第五部作品，依旧是观众熟悉的舞台和人物，还有令人期待的新客人以及他们带来的或妙趣横生，或温馨感人的故事。本季的客人有资深的游戏制作人与他的母亲，有杂志星座专栏作家与他倾慕的女孩，也有患有阿兹海默症的老人、外表光鲜的写真模特、曾经追梦的棒球选手和继承父亲的事业的导演等。在他们踏入深夜食堂的时候，更像是进入了一个驿站，在此稍事休息，然后重新上路。老板除了为食客们提供美食，也会为他们提供力所能及的帮助，甚至在看到有人即将步入歧途时赶紧拉他们一把。于是伴随着美食的慰藉与老板的帮助，游戏制作人与母亲和解，相信星座的女孩结识了心仪的对象，身患阿兹海默症的老人最终老有所养，写真模特告别了逝去的爱情与青春迎来了新的事业发展，继承父亲事业的导演不再纠结父亲带来的光环转而拍摄属于自己的影片。这些动人的故事与家常美食一起在第五季的《深夜食堂》再次与观众相逢，诙谐幽默、感动落泪都汇聚在老板的小小食堂中。

伴随着熟悉的旋律，画面是车水马龙的东京新宿街头，老板的声音缓缓响起，依旧是午夜十二点，属于一家食堂的时间开始了。菜谱只有猪肉汤套餐，但是想吃的都是可以点，老板都会尽量满足，这是他一贯的营业方针。特殊的风格和充满人情味的美食一直吸引着很多顾客。这次登场的客人有吃汤面不要面的女出租车司机，相爱相杀的喜剧演员师徒二人，毛线编织达人，天才物理学者，蔬菜商店的老板等等。大家都在东京生活，有着各自的艰辛与困难，老板的这家小小的食堂，更像是一个温暖的救助站，为大家提供食物，让大家可以畅所欲言。食客们在这里卸下一天的疲惫，谈论着遇到的趣事，或者独自品味忧愁。在享受过美食之后，女司机和老友放下心结，喜剧演员师徒与彼此和解，编织达人和物理学者收获了爱情。这一段段故事在深夜特有的幽静和食堂内的袅袅暖意间被娓娓道来，人生百味，尽在这四方食堂间。